Usporiadaním otvorov na prúdenie vzduchu s malými priemermi vo viacerých polohách
vzduchový difúzor možno dosiahnuť rovnomernú distribúciu rozptýleného prúdu vzduchu a zlepšiť účinnosť rozpúšťania kyslíka. Potom je s týmto vzduchovým difúzorom ťažké úplne zabrániť zablokovaniu otvorov pre prúdenie vzduchu a trubíc difúzora neaktivovaným kalom. Keď je vzduchový difuzér upchatý, je ťažké biologicky spracovať aktivovaný kal a filtračná membrána 53 membránového skľučovadla 51 v membránovom separátore sa následne upchá kalom priľnutým na povrchu membrány. To zhoršuje funkciu membránového separátora.
Preto je potrebné pri pravidelnej údržbe vzduchový difúzor prepláchnuť, aby nedošlo k jeho upchatiu. Toto preplachovanie sa zvyčajne vykonáva raz za dva týždne, čo umožňuje vode v trubici difuzéra vzduchového difuzéra prepláchnuť trubicu difuzéra. Na vykonanie tohto preplachovania však musia byť nainštalované pomocné zariadenia, ako sú preplachovacie nádrže a preplachovacie čerpadlá.
V takýchto membránových separátoroch sa ťahové sacie čerpadlo zastaví, keď sa prietok odpadovej vody zníži a objem odpadovej vody v nádobe klesne pod vopred stanovenú úroveň. Pri type gravitačnej filtrácie, ktorá využíva výšku vody v nádobe ako hnací tlak, prirodzene prestane fungovať, keď sa prietok zníži a výška klesne pod vopred stanovenú úroveň.